Secara historis, keberadaan Program Pascasarjana Universitas Hindu Negeri I Gusti Bagus Sugriwa Denpasar yang saat ini mengelola lima program magister, dan dua program doctor melewati beberapa tahap progresif.

• Pertama, berdasarkan Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 494 Tahun 2003 tertanggal 8 Oktober 2003 tentang Penyelenggaraan Program Pascasarjana pada Sekolah Tinggi Agama Hindu Negeri Denpasar, menetapkan STAH Negeri Denpasar sebagai penyelenggara Program Pascasarjana (S2) dengan Program Studi Brahma Widya dan Studi Ilmu Pendidikan Agama Hindu.
• Kedua, berdasarkan Peraturan Presiden tentang Penyelenggaraan Program Pascasarjana pada Institut Hindu Dharma Negeri Denpasarsi Nomor 1 Tahun 2004 tentang Perubahan Sekolah Tinggi Agama Hindu Negeri Denpasar menjadi Institut Hindu Dharma Negeri Denpasar, maka ditetapkan Peraturan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 23 Tahun 2005 tertanggal 14 September 2005 bahwa Institut Hindu Dharma Negeri Denpasar sebagai penyelenggaran Program Pascasarjana (S2) dengan Program Studi Brahma Widya Filsafat dan Program Studi Dharma Acarya (Ilmu Pendidikan Agama Hindu).
• Ketiga, sesuai dengan perkembanggannya, pada tanggal 5 Februari 2010 dibuka Program Doktor (S3) Ilmu Agama Hindu yang diresmikan oleh Direktur Jenderal Bimbingan Masyarakat Hindu Kementerian Agama.
• Keempat, pada tanggal 31 Mei 2012, Direktur Jenderal Bimbingan Masyarakat Hindu memberikan izin pembukaan Program Magister (S2) Pendidikan Satra Agama dengan kosentrasi Bahasa Bali. Berdasarkan Peraturan Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi Nomor 15 Tahun 2017, pada tanggal 3 Mei 2018 program studi ini berganti nama menjadi Program Studi Magister Pendidikan Bahasa Bali.
• Kelima, pada tanggal 11 Februari 2015 berdasarkan keputusan Direktur Jenderal Bimbingan Masyarakat Hindu Nomor DJ.V/14/2015, Pascasarjana juga memperoleh izin penyelenggaraan Program Magister (S2) Ilmu Komunikasi Hindu.
• Keenam, berdasarkan Surat Keputusan Direktur Jenderal Bimas Hindu Nomor 1417 Tahun 2021 tanggal 31 Desember 2021 dibuka secara resmi Program Studi Pariwisata Budaya dan Keagamaan.
• Terakhir, dibuka Program Doktor (S3) Ilmu Komunikasi Hindu berdasarkan Surat Keputusan Direktur Jenderal Bimas Hindu Nomor 1011 Tahun 2022 tertanggal 15 September 2022. Dengan adanya perkembangan tersebut, Sekarang ini Program pascasarjana Universitas Hindu Negeri I Gusti Bagus Sugriwa memiliki 2 program doktor dan 5 program magister